澳大利亚是三级政府构架，即联邦（中央）政府、州（省）政府和地方（市、郡、镇）政府，地方政府相互间互不隶属。其卫生管理体系分为三级：联邦卫生部、州卫生部及其在各个卫生区域的派出机构。地方政府不设卫生管理部门。各州卫生部卫生区域的派出机构名称不尽相同，多数称区域卫生局（area health services,AHSs），个别州称区域医院管理委员会、区域卫生管理董事会。地方政府对AHSs没有行政领导职能，AHSs只对相应的上级主管部门负责。AHSs管理的区域主要根据人口和地域进行划分，其范围与地方政府行政区范围并不一致。如在新南威尔士州共有17个AHSs，其中城市9个，农村8个，每个城市AHSs管理区域可能包括几个或十几个地方政府行政区域，人口在30～70万左右，农村地区覆盖人口相对少一些，一般在20万以下。

澳大利亚政府对医院实行宏观和间接管理。政府通过医疗立法、医疗机构的区域规划及相关的司法程序来管理医院和其他医疗机构。即使对公立医院政府也不直接管理，即不直接干预医院的人事聘用，包括院长聘任、财务预决、业务运行和内部分配。政府对医院管理的主要法律依据包括：公立医院法（1929年）、卫生管理法（1982年）、私立医院和日间手术中心法（1988年）、区域卫生服务法（1986年）、急诊服务法（1990年）、卫生服务法（1997年）等。

联邦政府和州政府对医疗机构的管理责权明确。联邦政府直接负责医疗服务、老年保健服务、药品费用的筹集与调配，收集并发布卫生信息，制定卫生政策和医疗立法。州政府制定所辖各地的卫生区域规划、审批医疗机构的开设；在联邦政府各种方式的资助下，负责公立医院服务、精神健康计划、公共卫生服务、社区卫生服务和妇幼卫生保健服务的筹资和管理；巡视各医院的运行状况（一般每年4次），对医院和院长（或首席执行官即CEO）的工作进行评价并向该医院董事会通报。州卫生部设中心办公室为具体的执行机构，负责制定全州卫生政策、发展计划、资源配置。各项卫生服务工作则以AHSs为单位开展，AHSs负责监督、管理和协调区域内各医疗机构的医疗服务活动及区域卫生资源配置，制订区域卫生服务计划，维持区域内预防与治疗工作间的平衡等。

澳大利亚实行的是高度福利的医疗保健制度，其主体由两个主要的国家计划组成，即全民医疗保健计划（medicare）和药品津贴计划（pharmaceutical benefits scheme,PBS），基本负担了所有澳大利亚居民的医疗费用和大部分的处方药品费用，保证居民公平地享受医疗保健服务。政府对医院的经费拨付采用按病种加权拨款方式（DRG），即按不同病种分类编号，确定每一类疾病的经费补助。其具体做法是按国际疾病分类标准ICD将疾病分为956个病种，每个病种的编号定为DRG编码，根据每个病种的病情程度、诊治技术复杂程度和费用的消耗，经过专家委员会论证给予不同的权重系数，如所有病种权重系数均值定为1（称1个权重点），则大叶性肺炎为0.9536，正常分娩为0.3876，心脏冠状动脉搭桥术为4.3592。政府根据医院的工作量即各病种收治数按每个权重点给予经费补助。私营的保险公司为投保的病人向医院支付费用也参照此法执行。